Участок в Куоккале был приобретен Репиным на имя второй жены Натальи Нордман в 1899 году, на следующий год, после того, как он стал ректором Академии Художеств в Санкт-Петербурге. Многочисленные обязанности и заставили Репина искать дом в окрестностях Санкт-Петербурга: с одной стороны, из Куоккалы было удобно добираться до города, с другой — место на берегу Финского залива было достаточно уединённым, и Репин мог работать спокойно.

Эти же летом в усадьбе вырыли пять прудов с соединяющими их каналами, выходящими в протекающий рядом за усадьбой ручей,  впадающий в Финский залив, который назвали «Марьина канава». А через два года заросший кустами участок превратился в парк.

В 1903 году по эскизу Репина, представляющему собой народные узоры вышивок, были сделаны ворота с калиткой, на которых обозначено название усадьбы и дата «1903» год. Начиная  с этого момента в доме стали жить постоянно.

Усадьба была названа «Пенаты» в честь римских богов-хранителей домашнего очага. Изображения этих божков, пенатов, можно увидеть на расписных деревянных воротах усадьбы, созданных по рисунку Репина.

Территория усадьбы представляет собой целый комплекс: беседка «Храм Озириса и Изиды», нередко становившаяся эстрадой и сохраненная в первозданном виде. Площадь «Гомера», на которой часто по воскресеньям устраивались поистине народные гуляния с танцами, песнями, лекциями и чаепитиями. Таким образом, Репин устраивал себе дополнительный отдых. Аллея Пушкина, «главная улица» парка, проводит через площадь и беседку к лестнице, поднимающейся к «Башне Шехерезады». Эта смотровая площадка с подзорной трубой, украшенная точёными, ажурными, раскрашенными решётками и балясинами, расположена рядом с «Чугуевой горой», названной в честь малой родины художника. На ней раньше были высажены вишни и находились две беседки «Будка Италии» и «Рембрандт». Все дорожки и уголки парка имели свои названия в честь друзей или родных, под настроение названия менялись.

В конце жизни Репин изъявил желание навсегда остаться в «Пенатах» и быть похороненным в своём саду без гроба, с посадкой дерева.

Изначально одноэтажный дом обрастал различными пристройками, верандами, балконами, также в 1906 году появился второй этаж со стеклянными шатрами, флюгерами, резными украшениями, сделанными по рисункам хозяина. Строительство велось без плана. Всё подчинено показателям назначения и целесообразности каждой пристройки, где много света, воздуха, удобно жить и работать художнику. Например, самая ранняя пристройка (1904 год), восьмиугольная, увенчанная прозрачным шатровым перекрытием почти на две трети стеклянная, вначале служила мастерской. Потом был надстроен еще один этаж, который стал выполнять эту функцию, поэтому помещение было обшито досками и окрашено и стало зимней верандой. Кабинет, напротив, самая поздняя пристройка (1911 год), «прикреплен» к одной из комнат и как бы выходит в сад, представляя собой стеклянный полукруг, за счет чего кабинет всегда полон света.